最有爭議的問題之一是：是否所有進入醫療機構的患者均應進行MRSA篩查。 支持普遍篩查者宣稱該策略可顯著提高MRSA攜帶者的檢出率。 其他人則認為普遍篩查方案費用過高，應對具有MRSA定植風險因素的患者進行檢測。

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