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論文中的腳注和尾注是對正文的補充，腳注通常位于頁面底部，可作為對文檔內容的注釋；尾注通常位于文檔的末尾，列出引用的來源等。 腳注一般是指作者的個人信息，如作者、作者在哪里，或作者的信息，以及哪些項目或基金是文章發表的一部分。 3、論文中的注釋就像我們在上與語文課中學習了古代詩歌一樣，頁面底部會將一些難以理解的單詞或詞語作一個簡短的解釋，以便學生理解，注釋是對書籍或文章中的詞匯、背景、內容、以及引文作介紹的一種文字。 古書的注釋在先秦時期開始，中國古代將注釋分的較為詳細，分別稱為注、釋、傳、箋、疏、章句等。 參考文獻引用的是別人的論文的觀點和成果，而注釋更多是自己對于這個名詞或者概念的詳細說明，用于向對于此類課題還不了解的人進行解釋。
最近有不少同學在 知網查重 時，發現有些同學的碩士研究生畢業論文的腳注和尾注被知網當作論文正文查重了，腳注部分大部分被標紅當作重復內容，慘不忍睹；但有些同學的碩士論文的腳注卻被知網正確識別出來了，沒有當作重復部分，如下圖所示： 那么，什么情況下知網查重能正確識別出論文的腳注部分呢？
一般來說，如果提交的論文是word版本，且腳注的標注是按照學校要求的格式進行標注的，90%的情況下來知網都能正確的識別出腳注，不會被當作論文的正文而被標紅。 據未經驗證的說法是腳注的標注位置比較關鍵，必須加在標點符號前面，不管對于句話還是引號，腳注都要加在標點符號的前面，這部分內容就不會被標紅或者標黃，僅供參考。 如果提交的論文是pdf格式，那么大部分pdf文件的腳注部分知網都無法正確的進行識別，從而會把腳注內容當作正文內容進行查重而被標紅。
- 知乎 論文中注釋和參考文獻的區別是什么？ 1、參考文獻是指引用他人已經發表的觀點、文章或實驗結果等，然后再自己引用的文字后面后加上 [1] [2]這樣的上標，然后在文章末尾列出與上標相對應的參考文獻，參考文獻在論文中有一以下5個方面的作用： （1）參考文獻可以體現出作者的科學態度和論文的科學依據，使得論文更具有真實性，也可以反映出論文的出發點和深度。