碩士是一個介于學士及博士之間的研究生學位(Post-Graduate)，擁有碩士學位者通常象征具有基礎的獨立的研究能力。

從高校培養辦法看，在培養目標里面都明確寫著：碩士研究生教育承擔著既為博士生教育輸送合格生源，又為經濟建設與社會發展培養各類高層次專門人才的任務。碩士生的培養應強調專業基礎理論和專業知識的學習，重視綜合素質提高和創新、創業精神的培養，提高分析與解決問題的能力，根據實際需要和不同面向確定培養目標、培養類型和培養模式。

從國家管理部門來看，2009年3月的教育部《全國專業學位教育指導委員會聯席會年度工作會議》也提出：拓展目前研究生主要培養學術型人才和應用型專門人才，并提出應用型專門人才是相對于學術性學位而言的學位類型，培養適應特定職業或崗位實際工作需要的應用型“高層次”專門人才。

碩士論文是碩士研究生所撰寫的學術論文。優秀的碩士論文能夠反映出作者對所學習專業的理論知識掌握的程度和水平，能夠幫助作者構建起良好的完整的知識體系，還能夠反映作者獨立的科研能力和學術理論的應用水平，對研究的課題的思考和獨立見解。較之學士論文，碩士論文應當具有一定的理論深度和更高的學術水平，更加強調作者思想觀點的獨創性，以及研究成果應具備更強的實用價值和更高的科學價值。因而撰寫碩士論文將對作者提出更高的要求——數據資料翔實充分、論證分析詳盡縝密、推理演算思路清晰、論文結構規范清晰、專業詞匯運用準確。

這跟注明不注明沒有關系的，論文檢測是把您的論文與對比數據庫的文獻進行逐句對比，相似的就標出來，如果像你所說，你有修改，尤其是逐句修改的話，相似度會下降的，注明了說明你是引用